საფონდო ბირჟის ისტორია მრავალსაუკუნოვანია და მისი ფესვები 1500-იან წლებში იწყება, როდესაც ანტვერპენი (Antwerp - ქალაქი ბელგიაში) და ლონდონი (London) ფინანსურ ცენტრად ჩამოყალიბდნენ. თუმცა, თანამედროვე საფონდო ვაჭრობა რეალურად ამსტერდამში (Amsterdam) დაიწყო, 1668 წელს. აქ პირველად დაინერგა ისეთი ელემენტები, როგორიცაა პირველადი საჯარო შეთავაზება (IPO - Initial Public Offering), რაც ჰოლანდიური აღმოსავლეთ ინდოეთის კომპანიის (Dutch East India Company) აქციების გამოშვებით მოხდა.
XVIII საუკუნის ბოლოს საფონდო ბირჟები ევროპის სხვა ქალაქებშიც გამოჩნდა. მალე ეს სისტემა შეერთებულ შტატებშიც (United States) გადაიტანეს და 1792 წელს უოლ სტრიტზე (Wall Street), ნიუ-იორკში (New York), დაფუძნდა. თავდაპირველად ვაჭრობა ძირითადად სახელმწიფო ობლიგაციებსა (bonds) და საბანკო აქციებზე (stocks) იყო ორიენტირებული. 1817 წელს ნიუ-იორკის საფონდო ბირჟამ (New York Stock Exchange) ოფიციალურად დაიწყო ვაჭრობა დაზღვევისა და ქვანახშირის კომპანიების აქციებით, რაც ფინანსურ სისტემას უფრო მრავალფეროვან და სტრუქტურირებულ სახეს აძლევდა.
მე-19 საუკუნეში საფონდო ვაჭრობამ რევოლუციური ცვლილებები განიცადა. ინდუსტრიული რევოლუცია და რკინიგზის განვითარება ბაზრის ზრდის მთავარ ფაქტორებად იქცა. ახალმა საკომუნიკაციო ტექნოლოგიების, როგორიცაა ტელეგრაფი, გამოჩენამ შორ მანძილებზე კომუნიკაციის გაუმჯობესების წყალობით, სავაჭრო ტრანზაქციები უფრო ეფექტური გახადა და ეროვნული საფონდო სისტემის შექმნა შესაძლებელი გახდა. იმ პერიოდში მრავალი კერძო ბირჟა საჯარო და უფრო რეგულირებად სისტემებში გაერთიანდა, როგორიცაა ლონდონის (London) და პარიზის (Paris) საფონდო ბირჟები.
აშშ-ში, დასავლეთის გაფართოებასთან ერთად, ახალი საფონდო ბირჟები გაჩნდა სან-ფრანცისკოში (San Francisco), ჩიკაგოსა (Chicago) და კანზას სიტიში (Kansas City). თუმცა, ნიუ-იორკის საფონდო ბირჟა ლიდერობას ინარჩუნებდა. 1896 წელს ჩარლზ დოუმ (Charles Dow) შექმნა Dow Jones Industrial Average, რომელიც ვაჭრობის მაჩვენებლებს აფასებდა და დღემდე უოლ სტრიტის მთავარი ინდიკატორია.
1929 წლის კრახმა, რომელმაც დიდი დეპრესია გამოიწვია, საფონდო ვაჭრობაში მკაცრი რეგულაციები მოიტანა. 1934 წელს ფასიანი ქაღალდებისა და ბირჟის კომისიის (SEC) დაარსებით, ზედმეტი სპეკულაციებისა და თაღლითობის შეზღუდვა გახდა პრიორიტეტი. ამის შემდეგ, ტექნოლოგიური ინოვაციებისა და გლობალური გაფართოების დახმარებით, საფონდო ბაზრებმა მსოფლიო მასშტაბით უდიდესი განვითარება განიცადეს. დღეს ისინი ეროვნული და გლობალური ეკონომიკის განუყოფელ ნაწილად იქცნენ.